Příčinným faktorem syfilisu je živý organismus mikroskopické velikosti, nazývaný bledý treponém ( Treponema pallidum ). Díky mikrobiologii, vědě o mikroorganismech, bylo zjištěno, že bledý treponém je gramnegativní spirochete. Její tělo je spirálovité, tenké a zakřivené. Délka těla se pohybuje od 4 do 14 mikronů a průměr průřezu - 0,2 - 0,5 mikronů. Přes tyto rozměry patogen syfilis je velmi aktivní mikroorganismus. A protože povrch těla bledého treponému obklopuje mukopolysacharidovou látku, je téměř nezranitelný jak pro fagocyty, tak pro protilátky.
Název "bledý" treponém přijal ze speciální vlastnosti, která nepodléhá barvení speciálním barvivem pro bakterie. Bledý treponém nežije v lidském těle. Pro výzkum se dá odlišit pouze od patologického materiálu nemocného. Nejlepším vývojovým prostředkem pro bledé spirochety je purulentní obsah.
Díky mikroskopickým studiím byly kromě spirálové formy bledého treponému vytvořeny granulární (cystoidní) a L-formy. Předpokládá se, že jsou spojeny cystoidní a L-formy. Během intracelulárního vývoje zemře spirální forma bledého treponému. Buněčná stěna je poškozena a odtud pochází mnoho parazitů, které napadají jiné hostitelské buňky.
Bledou spirochetu (treponema) zabije dezinfekční prostředek in vitro. Je citlivá na specifická antibiotika - tetracyklin, erythromycin, penicilin, stejně jako arzenobenzeny. Nejnovější generace antibiotik používala cefalosporin.