Pod biocenózou se rozumí systém vztahů mezi organismy, které mají společné území. V mikrobiálních systémech se používá termín "mikrobiocenóza".
Po narození dívky vzniká biocenóza vagíny. Při narození je vagina sterilní. Po dni se objeví různé mikroorganismy. V budoucnosti se vaginální biocenóza vytváří především laktobacily. Pod účinkem estrogenů, které dívka získala od své matky, se ve vagině vytváří kyselé médium. Později dívka a žena začínají rozvíjet své vlastní estrogeny, stimulující existenci kyselého prostředí vagíny. Mikroorganismy, které vstupují do vaginy, jsou rychle postiženy laktobacily, které žijí v nejlepších podmínkách pro sebe.
Rovnovážný systém mikrobů uvnitř pochvy se může lišit z různých důvodů:
Pro obnovení rovnováhy mikroflóry se používají vaginální probiotika a vaginální eubiotika. Jedná se o formulace obsahující laktobacily. Prostředky se aplikují na vaginální tampony nebo se podávají ve formě vaginálních čípků.