Osobní život Michaela Fassbendera byl vždy velmi intenzivní, ale zdá se, že pohledný ještě není připraven se usadit a získat ženu a děti.
Jak se často jedná o práci dvou herců na jedné sérii, obvykle se objevují pověsti o jejich románu v reálném životě, a ne jen na obrazovce. Některé z nich později najdou potvrzení, jiné jsou vyvráceny. Prakticky všechny potenciální nebo skutečné dívky Michaela Fassbendera byli jeho partneři ve filmech.
Takže v různých časech se objevovaly pověsti o románech Michaela Fassbendera a Natalie Portmanové nebo Mia Wasikowsky, nicméně ani tyto, ani jiné vztahy nebyly nad rámec profesionálního a existovaly pouze v myslích senzačních novinářů.
Skutečný román spojil Michaela Fassbenderera a jeho partnerka ve filmu "Lidé X: První třída" Zoe Kravitz. Mladí lidé byli spolu asi rok, ale později se rozdělili kvůli rušnému plánu obou herců.
Poté se dívka Michaela Fassbendera stala modelkou a herečkou Nicole Behariovou. Jejich romantika také nebyla příliš dlouhá. Do března 2014 se Michael Fassbender setkal s Madalinou Gene, herečkou a modelem, stejně jako s bývalou přítelkyní Gerarda Butlera.
Takový krátký vztah s dívkami vyvolal mnoho pověstí, že Michael Fassbender je gay. Samotný muž se však odvolává na příliš vážný postoj k práci. Nemůže se účastnit stejného emočního dopadu při natáčení filmů, stejně jako se zapojit do paralelního uspořádání osobního života. Od konce roku 2014 do září 2015 se herec setkal s mladou herečkou Alicií Vicanderovou, ale pár se rozdělil opět kvůli nesouladu plánů a zaměstnání herců.
Zdá se však, že se mladí lidé rozhodli udělat druhý pokus a oživit svůj vztah. To se projevilo na slavnostním ceremoniálu Oscara-2016, kdy Michael jemně políbil Alicii a blahopřál mu k získání tohoto ocenění. Informace o obnovení vztahů později potvrdila i Aliciina otec.